2006年1月1日，校学位委员会授予杨周旺等129人博士学位、杜宇等846人硕士学位，我系张俊杰、宋法伦、胡业民、王俊、白桦、Farshid Tabbakh等6人获博士学位，杜先彬获硕士学位。
2006年1月4日，我系“物理电子学省级重点实验室”承担的国家“863”项目子课题“时移地震数据采集与记录系统”在北京通过了国家科技部组织的验收。
2006年1月6日，杨涛、王小军入选教育部2005年度“新世纪优秀人才支持计划”。
2006年1月6日，中国科学院高能物理所北京谱仪国际合作组宣布发现新粒子，暂命名为X(1835)，此粒子是在分析J/ψ粒子衰变到一个光子和三个介子的过程中被发现的，其质量值约为18.35亿电子伏特，寿命仅为约10-23秒。我系闫沐霖教授等建议在实验上观测J/ψ->γη４π衰变过程，对X(1835)的发现起了直接的推动作用。
2006年1月10-12日， 中科院高能物理研究所举行了“北京谱仪（BESIII）国际合作组会议”。来自美国、德国、俄罗斯、日本等国的物理学家，高能所、中国科大、北大、清华、山东大学等国内10余家大学和科研院所代表100余人出席了会议。会上，我系陈宏芳教授当选为BES的院校联席会（Institute Board）主席，李澄教授当选为BES执行委员会（Executive Board.）委员。
2006年1月14日，我系“物理电子学省级重点实验室”召开学术委员会会议，进行年度总结。学术委员会主任王王砚方教授，副主任季幼章研究员、虞孝麒教授，委员王熙法教授、杨善林教授、吴先良教授、安琪教授等出席了会议。
2006年1月19日，教育部公布了2005年国家级实验教学示范中心评审结果，25个高校实验教学中心入选“国家级实验教学示范中心”，我校物理实验教学中心被评为物理类第二名。
2006年1月，刘金英教授退休。
2006年2月17日，我系主持的一项“973”课题通过有关部委组织的年度工作评估。校党委常务副书记、副校长许武教授出席了会议，副校长王东进教授全程参加了评估会。
2006年2月24日，张强、杨涛、潘建伟等在《Physical Review Letters》期刊上发表题为“Comment on ‘Quantum Key Distribution with Blind Polarization Bases’”的评论文章〔Phys. Rev. Lett. 96, 078901 (2006)〕。
2006年2月26日，理学院召开“加强核科技人才培养的座谈会”，讨论我校加强核科技人才的必要性、我校的优势、师资队伍和机构设置模式。会议邀请了合肥等离子体所所长李建刚、反应堆研究室主任吴宜灿、国家同步辐射实验室何多慧院士、盛六四执行主任等相关专家参加座谈，我系近30名教授、副教授出席。会议提出成立“工程物理学院”的建议，以凝聚我校核科技力量，更好地进入国家核能及相关领域的主战场，直接面对国家目标。
2006年2月27日，教务处通报了2005秋季学生课堂教学质量评估调查结果。调查获得4.5分以上由我系教员承担的课程有：叶邦角教授的《电磁学》、伍健副教授的《电磁学》、蒋一副教授的《电磁学》、李书民副教授的《理论力学》、安琪教授的《电子技术基础》、徐春凯博士的《电磁学》、李澄教授的《核与粒子物理方法》、朱晓东副教授的《低温等离子体应用》、周永钊教授的《计算机在物理中应用》、闻一之教授的《等离子体装置概论》、王永纲副教授的《快电子学》、曹金祥教授的《等离子体诊断导论》。
2006年2月，闫沐霖教授退休，继续博导返聘。
2006年2月，我系90级校友李巨获得美国青年科学家大奖。
2006年2月，朱大鸣教授被邀参与由R.G.Leener 和G.L.Trigg主编的《物理百科全书（Encyclopedia of Physics ）》第三版编写工作，负责撰写其中低温学（cryogenics）章节。
2006年3月12－17日，应我系等离子体物理学科点邀请，德国Ruhr大学物理与天文系郁明阳教授对我系进行了为期一周的学术访问。
2006年3月20日，学校公布校岗位聘任委员会审议通过的聘任教授岗位人员名单。我系高道能、朱晓东、王永纲、蒋一等4位博士被聘为教授，张仁友、刘国柱、刘树彬、王坚、张文禄等5位博士被聘为副教授。此次全校共聘任正高级岗位45名，副高级岗位56名，就职时间自2005年12月算起。
2006年3月22日，潘建伟获中科院杰出科技成就奖。中科院杰出科技成就奖授予中国科学院所属单位在近五年内完成或显示影响的重大成果的个人或集体，每两年评选一次，每次授奖总数不超过10个。
2006年3月22日，杜江峰获“江淮十大杰出青年”称号。“江淮十大杰出青年”评选活动由安徽省委组织部、省委宣传部、共青团安徽省委、省青年联合会主办，每两年开展一次，已连续举办七届。
2006年3月23日，中国科学技术大学－兰州重离子加速器国家实验室“强子物理研究中心”成立大会在近代物理系会议室隆重举行。我校党委书记郭传杰，常务副校长候建国等校、院、系领导，中科院近代物理研究所所长詹文龙、所党委书记谢铭，所长助理徐瑚珊等出席了成立大会。“强子物理研究中心”是以我系粒子物理与核物理、物理电子学、理论物理学科相关力量组建而成，安琪教授任中心主任。
2006年3月24日，杨涛等在《Physical Review Letters》期刊上发表题为“Experimental synchronization of independent entangled photon sources”的文章〔Phys. Rev. Lett. 96, 110501 (2006)〕。
2006年3月24日，张黎明、张子平等在《Physical Review Letters》期刊上发表题为“Improved Constraints on D0-D0bar Mixing in D0 -> K+ pi- Decays at Belle”的文章〔Phys. Rev. Lett. 96, 151801 (2006)〕。该研究成果给出了目前世界上最为精确的D0-D0bar混合参数及其CP破坏效应的测量，将该领域的研究工作向前推进了重要的一步。
2006年3月31日，清华大学庄鹏飞教授、华中师范大学侯德富教授应邀访问我系。
2006年4月10-14日，我系兼职博士生导师、中科院物理所盛政明研究员应邀来我系讲学，集中讲授“强激光与等离子体相互作用及相关现象”课程。
2006年4月14日，北京大学物理学院院长叶沿林教授一行四人应邀访问我系。
2006年4月26-27日，中科院物理所副所长冯稷、王芳卫研究员等一行4人应邀来我系访问讲学。
2006年4月28日，以我系毕业研究生彭海平（导师张子平教授）为通讯作者的一篇题为“Observation of a near-threshold enhancement in the wf mass spectrum from the doubly OZI-suppressed decay J/ψ to γwf”北京谱仪合作组（BES）文章在《Physical Review Letters》期刊上发表〔Phys. Rev. Lett. 96, 162002 (2006)〕，文章主要内容基于彭海平的博士论文工作。
2006年4月12-14日，由美国BNL国家实验室RHIC-STAR合作组发言人T. Hallman教授、TOF项目美方负责人G. Eppley博士、UCLA黄焕中教授、中科院近代物理所徐瑚珊研究员、华中师大刘峰教授组成的专家组，对我系承担的，用于RHIC－STAR－TOF探测器的MRPC批量生产标准进行了最后评审并获得通过，这是自2000年8月以来，RHIC-STAR国际合作项目MRPC研制过程中一个重要的里程碑。
2006年4月16-25日，学校职工集资建设的“科大花园”住房经过三轮挑选，共有1589位教职工确定了新住房。我系共有59位教职工选择，其中在职教职工54位、离退休教职工5位。
2006年4月17日，我校举办的第三期总装备部“中晋高”专业技术人员培训班开学，我系是承担其专业培训任务的二个系之一。
2006年4月17日，学校授予冯阳等311名学生2006年校优秀毕业生称号，我系张恒、宋健、孙建敏、周雅瑾、朱颖、张弛、张银、侯春晓、秦涛、李玉剑、封常青、言杰、薛加民、董辉、梁蕾、周鹏、庞盛世、袁苑、张璐等19名同学在列。
2006年4月21日，陈腾云、杨涛、潘建伟等在《Physical Review Letters》期刊上发表题为“Experimental Quantum Communication without a Shared Reference Frame”的文章〔Phys. Rev. Lett. 96, 150504 (2006)〕，报道在光纤通信中实现一种抗干扰的量子密码分配方案，保证长距离光纤量子通信的安全和质量的研究成果。
2006年4月24日，潘建伟教授入选第六届“中国青年科学家奖”候选人，6月正式荣获此奖。“中国青年科学家奖”评审工作由团中央、中国科学院、中国工程院、全国青联主办，始于1992年，已历5届，共有49人获奖。
2006年4月25日，我系举行“核探测技术与核电子学联合实验室”成立一周年大会，进行工作总结。校党委常务副书记、副校长许武，中科院高能所副所长兼联合实验室主任王贻芳，国家自然科学基金委物理二处处长浦钔，中科院基础局大科学工程处彭良强博士等出席；联合实验室管理委员会、室务委员会和学术委员会成员，以及理学院近百名师生参加。
2006年4月26-27日，国家大科学工程“北京正负电子对撞机谱仪升级工程（BES III）”电子学工作组第17次会议于在我系召开，BES III系统所涉及的探测器及电子学设计人员共50多人参加了会议。
2006年4月，陈宏芳教授编著的《原子物理学》一书，由科学出版社出版。
2006年4月，我系2006级招收研究生复试工作结束，共录取研究生81名（理论物理20名，粒子物理与原子核物理22名，原子分子物理6名，等离子体物理11名，物理电子学22名），其中通过考试录取56名（理论物理16名，粒子物理与原子核物理16名，原子分子物理4名，等离子体物理6名，物理电子学14名），通过免试录取25名（理论物理4名，粒子物理与原子核物理6名，原子分子物理2名，等离子体物理5名，物理电子学8名）。
2006年4月，我系本科毕业生、微尺度国家实验室2003级博士研究生赵爱迪荣获“安徽省十佳青年学生”称号，我系2002级本科生陈昭荣获“安徽省优秀青年学生”称号。
2006年4月，吴瑞生副教授退休。
2006年5月11日，我系58级校友、2005年度何梁何利科技进步奖获得者郑志鹏研究员做客“中国科大论坛”，为我校师生做题为“畅谈粒子物理发展史话”的科普报告。
2006年5月23日，应原子分子物理学科点的邀请，澳大利亚皇家化学院院士、Swinburne University of Technology信息与通讯技术学院副教授Wang Feng博士访问我系。
2006年5月31日，中微半导体设备（上海）有限公司（AMEC）董事长尹志尧博士一行3人访问我系，参观中科院基础等离子体物理重点实验室。
2006年5月，李定、陈银华、马锦秀、杨维纮四位教授编著的《等离子体物理学》一书，由高等教育出版社出版。
2006年5月，徐克尊教授所著的《高等原子分子物理学》一书，由科学出版社再次出版(第二版)。
2006年5月，李耀清副教授退休。
2006年6月9日，陈宇翱、潘建伟等在《Physical Review Letters》期刊上发表题为“Experimental quantum error rejection for quantum communication”的文章〔Phys. Rev. Lett. 96, 220504 (2006)〕。
2006年6月14日，应我系等离子体物理学科点、中科院基础等离子体物理重点实验室邀请，日本电力中央研究所王晓方博士访问我系。
2006年6月14日，学校聘任美国Brookhaven国家实验室研究员许长补博士为我系客座教授。
2006年6月28日，吴怡、吕敏、陈昭、彭勃、封常青、谢会乔、吴翔、商红慧等8名本科生获2006年度校级优秀毕业论文奖。
2006年6月28－30 日，我系马文淦教授和中科院北京高能物理研究所王建雄研究员共同组织，北京中国高等科学技术中心举办“量子场论计算”全国学术研讨会议, 40余人参加。
2006年6月30日，兰涛、俞昌旋等与核工业西南物理研究院研究人员合作，在《Physical Review Letters》期刊上发表题为“Toroidal Symmetry of the Geo desic Acoustic Mode Zonal Flow in a Tokamak”的文章〔Phys. Rev. Lett. 96, 255004 (2006)〕，报道了在中国环流器二号装置（HL-2A）上首次获得等离子体湍流测地声模环带流模式的研究成果。
2006年6月，我系彭承志、董昕的博士论文入选2006年度中科院优秀博士学位论文，他们的导师分别为潘建伟教授和张子平教授。中科院优秀博士论文评选工作自2004年起每年一次，每次评选出的优秀博士论文一般不超过50篇。
2006年6月，阮图南教授荣获第二届“安徽省高等学校省级教学名师”荣誉称号，我校共有7位教授获此荣誉。
2006年6月，王舸讲师辞职，赴美攻读博士学位。
2006年7月1日，校学位委员会授予吴春林等389人博士学位，刘广栋等814人硕士学位，黄进等1552人学士学位。我系戴雪龙、乔崇、宋健、颜天信、李弘、孙勇杰、欧阳亮、李阳芳、吴鹏、周雅瑾、陈腾云、张强、陈清、赵艳娥、徐枫、杜学峰、唐世悦、孙建敏、周丽霞、陈明君、彭成晓、王科、张弛、程诚、蒋林立、张黎明、赵力等27人获博士学位，刘广栋、吴岳雷、孔乐、张恒、朱颖、李昕、杨学峰、陈佳、曾翔、王健、陈法新、丁芳、颜官超等13人获硕士学位，封常青等104人获学士学位。
2006年7月13-15日，应我系“核探测技术与核电子学”联合实验室的邀请，美国夏威夷大学物理与天文系“仪器研究与发展”实验室主任Gary S. Varner教授来访。
2006年7月31日－8月8日， “中美中能物理研讨会”在北京和合肥相继召开，研讨会由中国科学技术大学、中国高等科技中心、美国Jefferson 国家实验室（JLAB）、中国原子能研究院、中国核物理学会、高能物理研究所所、北京大学和兰州大学联合主办，我系叶云秀教授、蒋一教授等负责组织了此次会议，120多位学者参加了研讨会。
2006年7月，王小军副教授调离，至中国工程物理研究院九所工作。
2006年8月1日，日本高能加速器研究机构(KEK)公布，由中国等13个国家参加的国际合作组(Belle)，利用大型加速器KEKB进行实验，首次观测到伴随中微子的B介子纯轻子衰变现象，其衰变几率与基本粒子标准模型理论预言相一致。我系张子平教授等参与合作并对此成果作出了重要贡献。
2006年8月8-9日，北京正负电子对撞机BEPCII/BESIII大科学工程电子学系统总工程师盛华义研究员、BEPCII/BESIII工程飞行时间探测器组组长衡月昆博士来我系进行工作访问。
2006年8月14日，郑坚教授、杨涛教授荣获“国家杰出青年科学基金”支持。
2006年8月15日，我系与等离子体物理研究所联合召开会议，就如何在新形势下进一步巩固、发展双方的全面合作关系进行了交流、研讨。等离子体物理所李建刚所长、万宝年副所长、高翔、王绍杰、赵君煜、胡立群等相关研究员，我系李定、刘万东、俞昌旋、闻一之、郑坚等相关教授参加研讨。会议确定了有益互利、注重内涵、从易到难、逐步推进的合作原则，给出了双方全面合作的方向以及近期实际落实的工作重点。
2006年8月18日，应我系等离子体物理学科点、中科院基础等离子体物理重点实验室邀请，香港城市大学物理与材料科学系讲座教授、IEEE Fellow朱剑豪博士访问我系。
2006年8月25－28日，我校合肥微尺度物质科学国家实验室和浙江大学物理系共同承办的“量子基础与技术：前沿和展望”国际会议在浙江大学召开，我系潘建伟教授担任组委会主席。来自22个国家和地区的250余名代表参加了会议，量子信息科学及相关领域的30余名国外著名专家和10余名国内著名专家作了30分钟邀请报告。
2006年8月，我系李瑾、张黎明、张子平等人关于D0-D0bar混合研究的两篇PRL论文被国际粒子物理学界权威的《粒子物理手册（PDG）2006》中多处收集引用。
2006年9月5日，单旭博士到校报到，任职于原子分子物理学科点。
2006年9月8日，王晓方博士正式报到，受聘为教授岗位，任职于我系等离子体物理学科点。
2006年9月8日，中科院上海应用物理研究所与我校全面合作协议签字仪式举行。我校党委常务副书记、副校长许武、副校长王东进等校领导及相关院系负责人，上海应用物理所所长徐洪杰，副所长赵振堂和副所长胡钧等一行15人出席签字仪式。签字仪式后，徐洪杰所长等与我系相关教员进行了座谈交流。
2006年9月10日，我系七七级校友刘亚东博士每年捐资人民币20万元（第一阶段2006-2008年，计人民币60万元），在我校设立“困学守望”教学奖。该奖设“育人终身成就奖”、“杰出教学奖”和“优秀教学奖”三个奖项，每年评审一次，奖励在我校承担数学、物理基础课教学的优秀教师。
2006年9月11日，我系叶邦角教授荣获校“教学名师津贴”，陈向军教授荣获“青年教师优秀教学津贴”，伍健副教授、梁昊副教授荣获“优秀青年教职工津贴”。
2006年9月12日，中科院高能物理研究所唐靖宇研究员应邀来访并作学术报告。
2006年9月12日，教务处通报2006春季学生课堂教学质量评估调查结果。调查获得4.5分以上由我系教员承担的课程有：朱林繁副教授的《原子物理》、陈向军教授的《原子物理》、叶邦角教授的《力学》、阴泽杰教授的《电子技术基础》、武杰博士的《微机原理与接口》、宋克柱副教授的《微机原理与接口》、王永纲教授的《电子技术基础》、朱晓东教授的《热学》、周子舫教授的《热力学与统计物理》、周先意教授的《固体物理》、刘万东教授的《电动力学》。
2006年9月17日，我系潘建伟、杨涛、张强等在英国《Nature Physics》上发表封面文章，题为“Experimental quantum teleportation of a two-qubit composite system leback”。介绍实现两粒子复合系统量子态隐形传输，首次实现六光子纠缠态操控的实验，这是我国科学家首次在该杂志发表封面文章。
2006年9月17-20日，中国科学院BES III工程指挥部组织召开鉴定会，对我系承担研制的“BES-III μ子鉴别器VME读出子系统样机”进行评审鉴定。
2006年9月17-21日，中国科学院BES III工程指挥部邀请有关专家对我系承担研制的“BES－III飞行时间读出电子学系统样机”举行评审并通过阶段验收。
2006年9月18-19日，我校兼职教授徐瑚珊研究员来系进行工作访问。
2006年9月20日，学校举行“困学守望”教学奖捐资签字仪式暨颁奖大会，校党委常务副书记、副校长许武主持会议，普元软件公司董事长刘亚东，校常务副校长侯建国，党委副书记、副校长李定，党委副书记鹿明，理学院院长杨国桢院士，人事处、理学院等有关单位和部门负责人以及获奖教师出席了大会。
2006年9月20日，我系张永德教授荣获首届“困学守望”终身成就奖，朱栋培教授、周子舫教授、陈银华教授等3人荣获首届“困学守望”杰出教学奖，蒋一教授、伍健副教授、李书民副教授、石名俊副教授等4人荣获首届“困学守望”优秀教学奖。
2006年9月22日，国家自然科学基金面上项目批准通知正式下发，我系共有17项面上项目获准，总批准经费523万元，其申请人为：井思聪、完绍龙、郁司夏、蒋一、王群、叶邦角、刘万东、翁惠民、俞昌旋、王永纲、杜江峰、刘国柱、李书民、邵明、谢锦林、吕海江、吴征威。
2006年9月27日，我系在站博士后董昕、刘勇、杨会杰获博士后科学基金资助，各获3万元资助基金。
2006年9月，2006级新生入学，我系共招收博士研究生52名、硕士研究生81名、代培研究生73名，共计206人。2004级理学院物理类本科学生中共有167人进入我系5个学科方向学习，其中理论物理学科48人、粒子物理与原子核物理学科31人、等离子体物理学科28人、原子分子物理学科26人、物理电子学学科33人。2006年理学院共招物理类本科生259名。
2006年10月12－13日，美国加州大学Irven分校陈骝教授来访。
2006年10月13日，我系博士研究生刘海东（导师汪晓莲教授）为主要作者的题为“Identified baryon and meson distributions at large transverse momenta from Au+Au collisions at sqrt(sNN)=200 GeV”在《Physical Review Letters》期刊上发表〔Phys. Rev. Lett. 97,152301 (2006)〕，这是我系参加美国BNL国家实验室STAR合作组发表的第二篇主要作者PRL文章，文中报道了基于我系研制的MRPC－TOF探测器获得的数据，所发展的高动量区间π介子和质子的鉴别技术，研究夸克胶子等离子体性质的实验结果。
2006年10月21-24日，“复杂系统研究及理论物理前沿学术研讨会”在我校举行。会议由中国高等科学技术中心（CCAST）资助，我系理论物理研究所主办，我系汪秉宏教授、扬州大学何大韧教授和华东师范大学刘宗华教授共同组织和主持。来自新加坡国立大学、扬州大学等国内10所大学50余人出席了会议。
2006年10月22日-11月12日，我系客座教授、美国劳伦斯－伯克利国家实验室高级研究员许怒博士来系讲学3周，讲授了20课时的《高能核物理导论》研讨课程。
2006年10月23日，李淼教授正式报到，受聘为教授岗位，就职于我系理论物理学科点和交叉科学中心。
2006年10月27日，陈宇翱、潘建伟等在《Physical Review Letters》期刊上发表2篇以我系为第二单位的国际合作文章，题目分别“Deterministic and Storable Single-Photon Source Based on a Quantum Memory” 〔Phys. Rev. Lett. 97, 1703004 (2006)〕，“Experimental Violation of Bell’s Inequality beyond Tsirelson’s Bound”〔Phys. Rev. Lett. 97, 170408 (2006)〕。
2006年10月27日，经学校批准，我系聘请詹文龙等18位相关研究领域专家就任兼职教授，聘期三年。名单如下：中科院兰州近代物理所所长、中科院院士詹文龙研究员，中科院兰州近代物理所所长助理徐瑚珊研究员，中科院兰州近代物理所马新文研究员，中科院等离子体物理所所长李建刚研究员，中科院等离子体物理所副所长万宝年研究员、中科院等离子体物理所吴宜灿研究员、中科院高能物理所副所长王贻芳研究员、中科院高能物理所副所长王焕玉研究员、中科院高能物理所邹冰松研究员、中科院高能物理所邢志忠研究员、中科院武汉物理与数学所所长詹明生研究员、中科院武汉物理与数学所高克林研究员、中科院理论物理所张肇西研究员、中科院上海应用物理所徐望研究员、中国工程物理研究院九所所长朱少平研究员、中国工程物理研究院一所李剑峰研究员、清华大学物理系庄鹏飞教授、山东大学物理与微电子学院梁作堂教授。
2006年10月27日－11月1日，在高能物理学会第七届全国代表大会上，我系马文淦教授当选为常务理事，伍健副教授当选为理事。
2006年10月31日，应等离子体物理学科点和中科院基础等离子体物理重点实验室邀请，西南物理研究院HL-2A实验部主任杨青巍研究员来系访问。
2006年10月，程伊敏调入我系物理电子学学科点，任实验员。
2006年11月3日，由安徽省科学技术协会主办的第四届安徽科技论坛新能源新技术分论坛在我系举行。此次会议由省真空学会和近代物理系承办，来自省内有关院校所及上海、江苏、德国鲁尔大学等地专家学者和青年学生90余人参加了会议。
2006年11月4-5日，我系兼职教授高克林来校为本科生授课，讲授“原子频标物理与技术基础”。
2006年11月7日，学校聘请美国洛伦兹伯克利国家实验室（LBNL）高级研究员王新年博士为我系客座教授。
2006年11月7-12日，“量子色动力学和RHIC-STAR实验进展国际学术会议暨STAR国际合作组大会”在我校举行，诺贝尔物理奖得主李政道先生专门为大会写来的贺信。此次会议由中国高等科学技术中心（CCAST）和我校外办资助，我系高能物理组负责组织，来自美国、德国、英国、荷兰、巴西、俄罗斯、印度、日本、中国等国际著名研究机构和大学的近百名专家学者和青年学生参加大会。
2006年11月8日，学校召开了2006年度招生表彰会，我系负责的浙江招生组荣获二等奖。我系今年参加浙江招生工作的教员有：陈向军、陈银华、杨维宏、周子舫、陈子瑜、万树德、张仁友、王坚、刘乃乐、谢锦林、武杰。
2006年11月12日，学校在水上报告厅举行了授聘仪式，聘请德国Frankfurt大学教授Horst Stöcker博士为我系客座教授，朱清时校长代表学校颁发聘书。
2006年11月14-20日，第19届国际超相对论核-核碰撞(Quark Matter 2006)学术会议在上海召开，我系11人参加会议。
2006年11月16日，中科院声学所所长田静研究员、所长助理黄正研究员应邀访问我系。
2006年11月17日，杨焕雄副教授自浙江大学调入，受聘为副教授岗位，任职于理论物理学科点和交叉中心。
2006年11月17日，我系2007年免试推荐研究生工作结束，共推荐免试研究生52名。23名同学志愿在本系就读，9名同学志愿在本校其他单位就读，20名同学志愿到校外研究机构（中科院等离子体物理所、中科院高能物理所、中科院理论物理所、中科院武汉物理数学所、中科院兰州近代物理研究所、中科院上海光学精密机械研究所、中科院上海应用物理所、中科院北京物理所、中科院空间科学中心、中科院紫金山天文台、中国工程物理研究院、西北核技术研究所、北京大学、清华大学）就读。
2006年11月17日，等离子体物理学科点承担国防重点实验室项目“等离子体测量系统”（总经费318万元）通过航天科技集团一院组织的专家验收。
2006年11月18日，我系张子平教授代表我校向“大亚湾反应堆中微子实验”国际合作组申请加入该合作组。20日，合作组委员会（Institutional Board）主席Kwong Lau教授于正式通知我校成为该国际合作组成员单位。
2006年11月20-22日，德国重离子研究所(GSI) CBM实验国际合作组发言人P. Senger教授，技术总负责人W. Mueller研究员等一行5人应邀访问我系。
2006年11月，沈激副教授退休。
2006年12月5－7日，我系马文淦教授应邀参加题为“面对国际直线对撞机（ILC）大科学国际合作项目，中国将如何应对”北京香山科学会议。
2006年12月12日，我系潘建伟教授研究小组发表在《Physical Review Letters》上关于“单光子量子态远程克隆”的研究成果被美国物理学会新闻网站评选为2006年度国际物理学重大进展（The Top Physics Stories of the Year），这是继2004年以后,中国科学家在国内取得的研究成果再一次被美国物理学会选为国际物理学年度重大进展。
2006年12月14日，陈增兵教授入选中科院“人才计划”。
2006年12月16日，我系安徽省高校“物理电子学省级重点实验室”顺利通过省教育厅组织的中期检查。
2006年12月21日，学校在近代物理楼举行授聘仪式，聘请赵政国博士为我系“赵忠尧大师讲席”教授，校党委副书记、副校长李定教授代表学校颁发聘书。
2006年12月26日，俞昌旋教授、闫沐霖教授荣获2006年度近代物理系“杰出成就奖”，刘金英教授、沈激副教授、吴瑞生副教授、李耀清副教授荣获2006年度近代物理系“突出贡献奖”，。
2006年12月31日，全系在职、离退休教职工100余人在江南春饭店聚会，辞旧迎新，颁发2006年度“近代物理系杰出成就奖”、“近代物理系突出贡献奖”。
2006年12月，我系79级校友付国勇博士当选为美国物理学会会士（APS Fellow）。
2006年12月，到年底，我系共有在编固定人员94人，其中教授42人（博士生导师39人），副教授23人，具有博士学位的讲师12人，其他中级及以下人员17人。另有返聘博士生导师12人，兼职博士生导师21人，在站博士后11人。教师中有60人具有博士学位。教师中有ChangJiangTePin教授2人，国家杰出青年基金获得者7人，中科院人才项目入选者计划9人，教育部新世纪优秀人才3人。
2006年12月，我系共有在读学生649人，其中本科生（2003－2004级）318人，在读硕士研究生（2004－2006级）187人，在读博士研究生（2004－2006级）144人。
2006年12月，我系2006年度有到款的科研项目共135项，总科研经费为2623.4 万元（不包括校内基金）。共有59名教员主持项目，潘建伟教授（609.5万元）、刘万东教授（251.1万元）、王砚方教授（224.5万元）、韩良教授（189.8万元）、曹金祥教授（133万元）、李澄教授（122.2万元）、安琪教授（105万元）等7人主持的项目年度到校经费超过100万元。按学科点统计，原子分子物理16项696.9万，等离子体物理34 项598.7万，粒子物理与原子核物理30项579.9万，物理电子学37 项539.2 万，理论物理18项213.6万。按项目来源统计，中科院项目11项824万元，国家自然科学基金项目55项749.9万元，国防军工项目13项378.6万元，横向合作项目19项325万元，大科学工程项目11项166.9万元，国家863/973项目3项55万元，其他省部委及纵向合作项目23项128.9万元。
2006年12月，2005－2006学年，我系共有59名教员（其中退休返聘教员5名）承担了本科生基础课程77门，总授课学时5540； 31名教员（其中退休返聘教员6名）承担了研究生课程32门，总授课学时2600。
2006年12月，据2006年科技情报检索资料，不完全统计，我系2005年度发表的第一单位科学研究论文共171篇,其中《Physical Review Letters》论文8篇（不包括非第一单位合作论文5篇），SCI收录论文102篇，影响因子总数为224.84，平均影响因子值为2.23。2006年发表《Nature Physics》、《Physical Review Letters》文章11篇，其中第一单位文章5篇、第二单位论文3篇、高能物理国际合作（我系学生为主要作者）论文3篇。
2006年底，在任的系行政、学术机构主要负责人如下：系主任、教授委员会主任刘万东教授，教授委员会副主任陈向军教授、安琪教授、完绍龙教授，总支书记陈向军教授，理论物理教授分委员会主任汪秉宏教授、粒子物理与核物理教授分委员会主任马文淦教授、等离子体物理教授分委员会主任李定教授、原子分子物理教授分委员会主任杨涛教授、物理电子学教授分委员会主任金革教授。中科院基础等离子体物理重点实验室主任李定教授，安徽省高校物理电子学省级重点实验室主任安琪教授。