2004年1月12日，报道潘建伟教授等研究成果的新闻“中国科大在量子通信实验领域取得重大进展”入选由两院院士评选的“中国十大科技进展新闻”（第7位）。同时被选为十大新闻的还有：“中国首次载人航天飞行获得圆满成功”、“中国科学家揭示水稻高产的分子奥秘和超级杂交稻研究取得重大突破”、“中国抗击‘非典’科研取得阶段性重大成果”、“中国金属材料表面纳米化技术和全同金属纳米团簇研究取得突破性进展”、“上海建成世界上第一条商业化运营的磁浮列车示范线并运行成功”、“三峡水库蓄水成功、永久船闸通航、首批发电机组全部投产”、“百万亿数据处理超级服务器研制成功”、“可控热核聚变实验研究获重大突破”、“中国发现长着四个翅膀的恐龙”。
2004年1月，韩荣典教授退休，继续返聘。
2004年1月，虞孝麒教授退休，继续返聘。
2004年1月，许咨宗教授退休，继续返聘。
2004年2月14日，杜江峰、陈向军、陈增兵、郑坚、李澄、杨涛等6人被学校聘为教授，刘小井、宋克柱、梁昊、杨为民等4人被聘为副教授。此次学校共聘任教授32名、研究员3名、正研级高级工程师3名。副教授43名、副研究员4名，高级工程师4名。
2004年2月，杨保忠教授退休，教学返聘。
2004年2月，刘庆军博士受聘为副教授，就职于粒子物理与原子核物理学科点。
2004年2月，郁司夏博士受聘为教授，就职于理论物理学科点（5月正式报到）。
2004年3月9日，刘万东教授连任近代物理系主任。
2004年3月17日，杨玉梅调入近代物理系行政办公室。
2004年3月28日，我系2004级招收研究生的复试工作基本结束，共录取研究生85名（理论物理26人、粒子物理与核物理14人、等离子体物理15人、原子分子物理14人、物理电子学16人），其中通过考试录取51名（理论物理18人、粒子物理与核物理9人、等离子体物理9人、原子分子物理7人、物理电子学8人），通过免试录取34名（理论物理8人、粒子物理与核物理5人、等离子体物理6人、原子分子物理7人、物理电子学8人）。
2004年3月，我系主体搬迁工作基本结束。至此，我系在西区电四楼的所有工作用房，除近代物理实验教学中心部分实验室外，已经全部迁出。理论物理学科点、等离子体物理学科点的理论部分已从北区等离子体楼迁出。物理电子学学科点迁至近代物理楼4-5层；粒子与核物理学科点迁至近代物理楼1-4层；理论物理学科点主体迁至理化大楼17层，部分教员安排在近代物理楼3-4层；原子分子物理学科点迁至理化大楼1-2层；近代物理实验教学中心迁至近代物理楼1层；等离子体物理学科点实验部分集中在北区等离子体楼。
2004年4月1日，系党总支换届选举。陈向军教授当选系总支书记，王安民、张永明、陈向军、杜江峰、奉兴、赵智宏、曹金祥等7人当选为系党总支委员。
2004年4月4日，全体教授、副教授大会，成立“近代物理系教授委员会”，通过《近代物理系教授委员会章程》。依据章程，通过无记名选举的方式，选举出了教授委员会。马文淦、王安民、井思聪、叶邦角、安琪、刘万东、汪秉宏、汪晓莲、完绍龙、李定、李澄、杜江峰、阴泽杰、郑坚、陈向军、金革、周永钊、周先意、张永明、俞昌旋、徐克尊、曹金祥、阎沐霖、潘建伟等24人当选为教授委员会委员。
2004年4月9日，2004年度霍英东基金评选揭晓，陈增兵教授获青年教师基金资助，资助额为1.5万美元。我校同时获得霍英东基金奖励和资助的还有化学院的俞书宏和侯中怀。
2004年4月13日，理学院新一届学术委员会、教学委员会成立。我系叶邦角、刘万东、安琪、李定、徐克尊、阎沐霖等6人当选为学术委员会委员，马文淦、叶邦角、完绍龙等3人当选为教学委员会委员。
2004年4月14日，近代物理系教授委员会日常工作小组成立。根据《近代物理系教授委员会章程》，教授委员会主任提名，教授委员会通过，陈向军、完绍龙、安琪三位教授担任教授委员会副主任。教授委员会主任、副主任组成近代物理系日常工作小组，处理近代物理系日常事务。
2004年4月16日，学校授予王少明等362名学生2004届校优秀毕业生称号，我系黄瑜平、刘成、陈钢、占亮、刘春雷、周瑜、贾博韬、舒钢、董广强、朱旭琪、印娟、孟娟、王兆龙、王然石、张艳丽、赵龙、李卉、陆启明、李瑾、单旭、张宪锋等21人在列。
2004年4月21日，北京正负电子对撞机重大改造工程指挥部聘请安琪教授就任“探测器分总体TOF电子学系统”负责人，周永钊教授就任“探测器分总体Mion探测器电子学系统”负责人。
2004年4月28日，近代物理系各学科点教授分委员会成立。根据《近代物理系教授委员会章程》，经各学科点教授及系日常工作小组推荐，教授委员会通过，各学科点教授分委员会成立。理论物理教授分委员会：阎沐霖（主任）、汪秉宏（常务副主任）、王安民、井思聪、汪秉宏，学术秘书杨为民；粒子物理与核物理教授分委员会：马文淦（主任）、叶邦角、汪晓莲、李澄、杜江峰、周先意，学术秘书伍健；等离子体物理教授分委员会：李定（主任）、曹金祥（常务副主任）、郑坚（学术秘书）、刘万东、俞昌旋；原子分子物理教授分委员会：徐克尊（主任）、陈向军、潘建伟，学术秘书杨涛；物理电子学教授分委员会：金革（主任）、安琪、阴泽杰、周永钊、张永明，学术秘书宋克柱。
2004年4月29日，我系杜江峰教授荣获“安徽省青年五四奖章”。
2004年5月10日，韩良博士被学校聘为教授。
2004年5月28-31日，应交叉中心和理论物理学科点邀请，我系77级校友、台湾大学物理学系教授何小刚博士于5月28-31日来我校进行工作访问。
2004年5月，吴冲博士辞职。
2004年6月3日，近代物理系咨询监督委员会成立，成员如下：汪晓莲（主任）、马锦秀、王安民、王砚方、卢建新、陈宏芳、陈银华、俞昌旋、徐克尊、韩荣典、虞孝麒。根据《近代物理系教授委员会章程》，咨询监督委员会的职责为：监督系日常工作小组、各分委员会、各专项工作委员会的工作。听取全系教授、副教授对系内各项工作的建议和意见并及时反馈。对系内的各项工作提供咨询意见。
2004年6月3日，近代物理系学生工作小组成立，成员如下：陈向军（组长）、完绍龙、张永明、奉兴、李雯、陈子瑜、刘树彬、梁昊、谢锦林、苑震生、张万生。根据根据《近代物理系教授委员会章程》，学生工作小组的职责为：负责近代物理系本科和研究生的管理和指导工作，协调、完成学校及学院布置的各项学生工作。
2004年6月14日，学校新一届（第六届）学位委员会成立，李定就任学位委员会副主任、周先意就任学位委员会委员。
2004年6月16日，学校新一届（第六届）各学位分委员会成立，物理天文学科分委员会中，周先意就任分委员会副主任，叶邦角、刘万东、李定、完绍龙、陈向军就任分委员会委员。
2003年6月30日，校学位委员会授予魏公明等204人博士学位、何晨旭等449人硕士学位。我系刘继国、沈文博、薛飞、张文禄、冯海涛、李文斌、黄胜利、黄亦斌、孙胜森、吕海江、Nasseri、李正平、刘士兴、彭海平、杨杰、张永明等16人获博士学位，张艳丽、赵龙、李卉、李昔华、李云、李超、郑斌祺、李经菊、周珮珺、陈宇翱、杨盈、蒋宁、刘杨、陆启明、卫小乐、张健、米明磊、张晓黎、张岳华、张锐等20人获硕士学位。
2004年6月，詹如娟教授退休，继续返聘博导。
2004年7月1日，赵志、杨涛、潘建伟等人完成的题为“五粒子纠缠态以及终端开放的量子态隐形传输的实验实现”文章在《Nature》期刊发表，媒体纷纷报道。
2004年7月6-19日，我系举办为期两周的“相对论重离子碰撞物理”暑期讲习班，邀请了在国外著名研究机构工作的华人科学家王新年、陈剑平、许怒、邱建伟、王福强、许长补等6人担任主讲教员。讲习班参加者从事重离子碰撞物理的研究生、年青教师及高年级学生。
2004年7月8日，学校聘请美国Jefferson国家实验室高级研究员陈剑平博士为我系客座教授。
2004年7月12-15日，我系参与组织的“中能物理与QCD”专题研讨会在中国高等科技中心举行。来自原子能科学院、中国科学技术大学、北京大学、南京大学、南开大学、山东大学、复旦大学、南京师范大学、中科院高能物理所、中科院理论物理所、中科院上海应用物理所的50多位研究人员及研究生参加了研讨会。
2004年7月15日，我系负责的浙江省的2004年招生录取工作结束。共录取新生70名，比招生计划增加7名。录取最高分687分，最低分667分，平均分674.23分（浙江省重点线为574分）。陈向军、叶邦角、陈银华、朱栋培、杨维宏、周子舫、刘万东、万树德、陈子瑜、张仁友、王坚等参加了今年浙江招生工作。
2004年7月16日，中国科学院院长路甬祥给我校及潘建伟教授发来贺信，祝贺其在国际上首次取得“五粒子纠缠态的制备与操纵”的重大科技成果。
2004年7月25日，我系等离子体物理学科点申请立项的一项国防科工委重点研究项目经过两轮专家评审论证，获得通过，这是我系首次获得支持的此类国家级重点研究项目。
2004年7月，韩良入选中国科学院“人才计划”。
2004年7月，张永明教授调本校火灾科学国家重点实验室。
2004年7月，理论物理学科点张永德教授、陈增兵教授、郁司夏教授、刘乃乐博士转至原子分子物理学科点。
2004年7月，陈刚、周意、江晓、冼泽、黄瑜平、方鹏、刘锦涛、刘晓辉、代亮等9名本科毕业生获2004年度校级优秀毕业论文奖。
2004年7月，刘庆军副教授辞职。
2004年8月5日，应等离子体物理学科点邀请，美国普林斯顿大学等离子体物理实验室（PPPL）Nathaniel.J.Fisch教授、秦宏博士访问我系，就我校与普林斯顿大学在等离子体物理领域，特别是聚变领域的人才培养、合作研究方面交换了意见，并达成了初步的共识。
2004年8月9日，我国著名等离子体物理学家陈春先先生逝世，12日，我系发唁电悼念并派代表参加其遗体告别仪式。
2004年9月3-5日，2004年新生入学。我系共招收博士研究生45名、硕士研究生85名、代培研究生65名，共计195名。2002级理学院物理类本科生中共有140人进入我系的5个学科方向学习，其中理论物理50人、原子分子物理13人、粒子物理与原子核物理22人、等离子体物理21人、物理电子学34人。另外，2004级理学院共招收物理学类本科新生244名。
2004年9月5-7日，美国Rutgers大学蒋晓东博士来来访。
2004年9月10日，学校举行首批“课程讲座教授”聘任仪式，阮图南教授被聘为《普通物理和量子力学》课程讲座教授、张永德教授被聘为《量子力学》课程讲座教授。同时聘任的还有数学系的史济怀、李炯生、谢盛刚3位教授。
2004年9月10日，以我校为牵头单位的重大国际合作项目“STAR相对论核核碰撞物理研究与飞行时间探测器研制”在北京顺利通过国家基金委组织的专家论证，项目总经费为1340万元，国家科技部、中国科学院有关领导参加了论证会。与会专家一致认为，这是一项技术含量高，物理目标明确，很有意义的重大国际合作项目，前期的预研工作取得了非常出色的成果，应该予以支持。
2004年9月13-15日， 美国Washington大学物理系副教授、我系64级校友赵天池博士应邀来访。
2004年9月23－29日，应原子分子物理学科点邀请，澳大利亚科学院院士、西澳大学(UWA)物理系教授J.F.Williams于到我系进行了为期一周的工作访问。
2004年9月28日，杨维纮教授负责的《力学》课程被评为省级精品课程。
2004年9月30日，我系2005年免试推荐研究生工作结束，共推荐2001级学生36名。20名同学志愿在本系就读，4名同学志愿在本校其它单位就读，12名同学志愿在校外研究机构（高能物理所、物理所、理论所、上海应用物理所、上海光机所、等离子体物理所、中国工程物理研究院、北京大学）就读。
2004年9月，杜江峰、郁司夏教授获学校“国家杰出青年基金后备人选培养计划”支持。
2004年9月，学校批准了我系粒子物理与原子核物理学科点申报的拟引进德国法兰克福大学王群博士的“杰出人才引进计划”，并确定了王群博士具有中国科学院"引进国外杰出人才"项目候选人资格。
2004年9月，快电子学实验室与中海油田服务股份有限公司正式签订“863”的二期任务合同书。二期的主要任务是对原理样机的软硬件进行完善，通过海试，使其最终实现产业化，为我国的海洋石油勘探提供关键设备。
2004年9月，我系2004度年国家自然科学基金面上项目申请取得好成绩，批准项目总数、通过率均创新高。共获得面上项目（包括青年基金、重大研究计划中面上基金、联合基金）14项，总经费366万元。今年我系共提交基金委各类项目申请32项，其中申请数理学部物理一处项目5项，有3项获得通过，通过率为60%；数理学部物理二处23项，9项获得通过，通过率为40%；其它部处4项，2项获得通过，通过率为50%。
2004年9月，杜江峰教授荣获2004年度“国家杰出青年基金”。
2004年10月10日，我系参与承办的总装备部技术骨干高级培训班开学，来自总装各基地拟晋升高级专业职称的学员30余名来校学习，为期3个月，我系承担核技术相关专业的教学工作。
2004年10月16日，我系承办的第三届安徽科技论坛“新型显示与绿色光源技术与应用研讨会”在我校召开。
2004年10月18日，学校聘请美国洛伦兹－伯克力国家实验室（LBNL）研究员Hans Georg Ritte就任我系客座教授。
2004年10月18-19日，我系举办“相对论重离子碰撞中的集体运动动力学”国际研讨会。会议邀请了10余名该领域国内外知名学者作学术报告，他们分别来自美国洛伦兹－伯克力国家实验室、美国布鲁克海文国家实验室、德国法兰克福大学、美国肯特州立大学、日本筑波大学、中科院高能物理研究所、中科院上海应用物理所、清华大学、华中师范大学。国内几所著名的大学和科研机构以及我系师生共60多人参加了本次会议。
2004年10月18-22日，应等离子体物理学科点邀请，俄罗斯科学院地球空间动力学研究所和莫斯科理工大学教授S. I. Popel博士对我校进行了为期5天的学术交流访问。
2004年10月21日，超弦/M 理论、粒子物理及宇宙学专题研讨会在科大上海研究院召开。
2004年10月21日，等离子体物理学科点部分青年教师及研究生经过酝酿，自发筹备成立了等离子体学术沙龙。
2004年10月23-24日，系工会利用周末期间，组织教工到江西省上饶市境内的三清山进行了自助观光旅游，共有62名教工及部分家属参加了此次活动。
2004年10月28－29日，我系快电子学实验室研制的四路高精密时间间隔测量仪在中国工程物理研究院通过验收。
2004年10月，陈宇翱、宋健、侯红生荣获2004年度中科院院长奖。
2004年10月，汪兆民教授退休。
2004年11月2日， 我系2001级本科生季莉、雷鸣同学荣获2004年度“郭沫若奖学金”，学校同时授予的有孙旭东等25人。
2004年11月2日， 我系博士研究生李阳芳、张安宁、陈丽清、阮丽娟等4人荣获2004年度“求是研究生奖学金”，学校同时授予的有杨红昂等25人。
2004年11月4日，我系信息物理研究室与北京正负电子对撞机二期改造（BECPII）工程指挥部签订了“BESIII m 子鉴别器读出电子学系统”的工程制作合同，合同金额为人民币264.97万元。
2004年11月7日，我系“物理电子学实验室”通过省级高等学校重点实验室专家论证。
2004年11月10日，奥地利科学院院士Peter Zoller教授受聘为我校严济慈“大师讲席”。
2004年11月14日-15日，由我系和中国原子能科学研究院共同组织的“CEBAF和J－PARC上的物理国际研讨会”在北京召开。来自中国的高能物理所、理论物理所、中国原子能科学研究院、北京大学、南京大学、复旦大学、兰州大学、中国科学技术大学、中科院研究生院，美国的Jefferson实验室以及日本J-PARK等单位40多位中能物理科研工作者参加了研讨会。
2004年11月16日，系辐射防护工作小组成立，成员为刘万东（组长）、奉兴（副组长）、伍健、朱忠英、孙金华、庄全国、杜淮江，同时聘请王明谦、韩荣典、许咨宗等3位老师担任技术顾问。
2004年11月18日，我系快电子学实验室与北京正负电子对撞机二期改造（BECPII）工程指挥部签订了BESIII飞行时间读出电子学系统中前置放大器和系统时钟部分的工程制作合同，合同金额为人民币115万元。
2004年11月18－19日，我系信息物理研究室研制的“BES-III m 子鉴别器电子学系统原型样机”通过中国科学院高能物理研究所组织的专家鉴定。
2004年11月21日，潘建伟教授当选为第15届“中国十大杰出青年”。
2004年11月25日，我系承担的国家“九五”重大科学工程LAMOST 观测控制系统（OCS-2.10）和巡天战略系统（SSS-1.10）两个项目通过验收。
2004年11月29日，我系负责的浙江招生组被评为“招生工作先进集体”。
2004年11月，孙腊珍、吴瑞生、宋克柱、万树德、孙金华、杜淮江等人完成的“近代物理实验教学的改革与实践”教学成果荣获校级教学成果二等奖。
2004年11月，刘之景教授退休。
2004年12月1日，潘建伟、杨涛、赵志等研究成果入选美国物理学会2004年度国际物理学重大进展（The Top Physics Story for 2004）。这是美国物理学会首次将中国科学家在国内取得的研究成果选入国际物理学年度重大进展。
2004年12月3日，2003-2004年度岗位绩效考核及40%津贴发放工作结束。参加此次考核人数共95人，其中博士生导师28人、教授11人、副教授25人、博士学位讲师16人、中级以下15人。另有9人由学校和理学院直接考核。在考核的95人中，对约80%人的绩效津贴进行了浮动，大多数浮动额度在10%以内，对特别优秀的教员向上浮动的额度达40%。
2004年12月6日，学校公布了2004年度教师单项奖获奖者名单。刘之景教授获“王宽诚育才奖”一等奖，沈激副教授获“王宽诚育才奖”二等奖，梁昊副教授获“张宗植青年教师奖”。
2004年12月8日，我校（近代物理系）加入费米实验室D0国际合作，成为合作组正式成员单位，蒋一、韩良以中国组Authorship身份继续其在密西根大学与曼彻斯特大学的强子对撞物理研究工作。
2004年12月10日，年度考核工作结束，卢建新、杨为民、完绍龙、张仁友、伍健、杜江峰、朱晓东、杨维宏、郑坚、吴孝义、赵智宏、许仁英、苑震生、郁司夏、孙腊珍、陈子瑜等16人被评为优秀。
2004年12月15-16日，我系客座教授、美国UCLA物理系教授黄焕中博士来访。
2004年12月15-16日，有关部委组织的检查组对我系主持的一项国家“973”项目（总经费990万元）进行了中期检查。检查组由来自北京航天航空大学、南京大学、复旦大学、华中科技大学、中科院合肥物质研究院、中科院物理所、西南物理研究院、航天三院等单位的专家及领导19人组成。检查组认为项目取得了较大的进展，达到了预定的研究目标，一致确认通过了该项目的中期检查。
2004年12月16日，总装备部科技委副主任焦安昌中将、李恒星中将等总装备部领导到我系视察。
2004年12月20日，我系快电子学实验室和高能物理实验室合作，与北京正负电子对撞机重大改造工程指挥部签定合同，承担北京谱仪（BESIII）亮度监测系统的研制任务，合同总金额为55万元。
2004年12月21日，安徽省教育厅下文，正式批复同意我校建议的“物理电子学省级重点实验室”学术委员会组成名单以及实验室主任。至此，“物理电子学省级重点实验室”正式启动运行。实验室主任为安琪教授，学术委员会成员为：王砚方教授（主任）、季幼章研究员（副主任）、虞孝麒教授（副主任）、王熙法教授、匡光力研究员、杨善林教授、吴先良教授、安琪教授。
2004年12月22日，韩荣典、虞孝麒、许咨宗、詹如娟等4位教授荣获2004年度近代物理系“杰出成就奖”， 杨保忠、汪兆民、刘之景等3位教授荣获2004年度近代物理系“突出贡献奖”。
2004年12月23日，欧洲物理学会评选的2004年度国际物理学十大进展揭晓。潘建伟、杨涛、赵志等人关于“五光子纠缠和终端开放的量子态隐形传输”的研究成果榜上有名。这是我国科学家在国内取得的研究成果首次同时入选国际两大物理学会的年度十大进展。
2004年12月23日，教育部科学技术委员会组织评出2004年度“中国高等学校十大科技进展”，潘建伟、杨涛、赵志等完成的“五光子纠缠和终端未定量子隐形传态的实验实现”入选。
2004年12月25日，叶邦角教授主持完成的“实行多元化《电磁学》教学，探索普通物理教学新模式”教学成果通过了安徽省教育厅组织的鉴定。
2004年12月29-31日，应等离子体物理学科点邀请，德国Ruhr大学物理系郁明阳教授来校讲学。
2004年12月30日，潘建伟荣获第八届“中国科学院十大杰出青年”称号。
2004年12月30日，我系1979级（794）16名校友回校聚会，纪念毕业二十周年。
2004年12月31日，我系郝黎凯、万长胜、张宪峰、李瑾、阮丽娟、刘士涛、李平、孔伟、王之江等9名同学获博士学位，王全、赵博、吴征威等3名同学获硕士学位（校学位委员会2005年1月4日批准）。
2004年12月，徐克尊、陈向军、朱林繁、钟志萍等人完成的“原子分子的高能量分辨快电子碰撞谱学研究”成果获安徽省自然科学二等奖。
2004年12月，到年底，我系共有在编教工96人，其中教授39人（博士生导师31人），副教授25人，具有博士学位的讲师16人，其他中级及以下人员17人，教师中有54人具有博士学位。另有返聘博士生导师11人，兼职博士生导师4人。
2004年12月，我系共有在读学生554人，其中本科生（2001、2002级）262人，在读硕士研究生（2002－2004级）172人，在读博士研究生（2002－2004级）120人。
2004年12月，我系2004年度有到款的科研项目共97项，总科研经费为1377.28万元。共有48名教员主持项目，其中潘建伟教授（363万元）、王砚方教授（195.6万元）、刘万东教授（150.4万元）、梁昊副教授（137.22万元）等4人主持的项目年度到校经费超过100万元。按学科点统计，原子分子物理11项442.2万，等离子体物理28项404.86万，物理电子学29项393.12万，理论物理18项78.7万，粒子与核物理11项58.4万。
2004年12月，据2004年科技情报检索资料，不完全统计，我系2003年度发表的科学研究论文共177篇。其中，Physical Review Letters论文8篇，SCI收录论文60篇，EI收录论文3篇，ISIP收录论文6篇，中文核心期刊论文108篇。
2004年底，在任的系行政、学术机构主要负责人如下：系主任、教授委员会主任刘万东教授，教授委员会副主任陈向军教授、安琪教授、完绍龙教授，总支书记陈向军教授，理论物理教授分委员会主任阎沐霖教授、粒子物理与核物理教授分委员会主任马文淦教授、等离子体物理教授分委员会主任李定教授、原子分子物理教授分委员会主任徐克尊教授、物理电子学教授分委员会主任金革教授。