2001年1月，杨维纮晋升为教授、张永明晋升为三级高工。
2001年2月15日，我系主导承担的国家自然科学基金重点项目“高能量分辨电子碰撞动量谱和能量损失谱研究”通过专家组的结题验收。
2001年2月21日，项志遴教授因病在北京去世，终年70岁（1931.6.24-2001.2.21）。
2001年4月19日，刘万东任近代物理系主任。
2001年4月19日，杜江峰任近代物理系党总支书记。
2001年5月16日，曹金祥任等离子体物理专业主任。
2001年5月25日，我系主导推动重大国际合作项目RHIC－STAR－TOF立项研讨会议在我校召开，理学院院长杨国祯院士主持会议，国家责任科学基金委副主任王乃彦、上海原子核研究所沈文庆院士等参加。
2001年5月，叶邦角、杨维纮为博士生导师。
2001年6月7日，潘建伟入选中科院第六批“引进国外杰出人才计划” （同时入选的有吕品、汪子丹、胡森、陆云光、章伟、陈旸、汪志勇、崔华、俞汉青、陈乾旺）。
2001年6月26日，杨为民、宋克柱、陈家琴、张万生、雷武虎、陆靖平、刘小井被授予博士学位（同时授予的有李宏等97人）、陆玮、白波、冀延庆、赵波、田燕波、江锡满被授予硕士学位（同时授予的有刘戈平等211人）。
2001年6月30日，刘小井、张万生、赵家伟三位博士留校。
2001年6月，阮图南教授退休，继续返聘。
2001年6月，刘耀阳教授退休。
2001年6月，我系研究生居桐指导并带领98、99两个年级同学参加学校第一届Robotcup机器人舞蹈比赛，获得优胜奖；
2001年8月22日，潘建伟教授开始筹建“量子基础与信息物理实验室”。
2001年8月22-26日，由我校非线性科学中心、近代物理系、理论物理研究所和安徽省非线性科学学会等单位组织承办，我系汪秉宏教授担任组织委员会主席的第二届复杂性科学和经济物理学的理论与应用国际学术会议在桂林广西师范大学召开，来自国内外100余名代表出席会议。
2001年8月，我系原子分子实验室徐克尊教授主持申请的国家自然科学基金重点项目“原子分子离子的激发、电离和解离及动力学研究”获得批准。同时批准的还有陈增兵、马文淦、张子平、翁惠民、马锦秀、李定、俞昌旋、王安民、阮图南等主持申请的9项自然科学基金面上项目。
2001年9月7日，校教师单项奖评出。虞孝麒获“华为奖教金奖”，王安民、朱栋培获“王宽诚育才奖”，朱林繁获“张宗植青年教师奖”，杜江峰获“海外校友优秀青年教师奖”
2001年9月10日，学校举行2001级新生开学典礼。全校2001级普通高等教育招收新生3431名，其中博士生400人、硕士生1025人、本科生1826人、专科生180人，此外招收代培研究生565名和成教生2050名。近代物理系招收硕士生66人，
2001年9月11日，我系本科生强翼、研究生白波获2000-2001年度“郭沫若奖学金”（全校共有20名本科生、4名研究生获奖）；博士研究生王文浩、刘小井、张声涛获2001年“求是研究生奖学金” （全校共有46名博士生、4名硕士生获奖）。
2001年9月15日，理学院召开2001级新生入学迎新会。今年以理学院集体招生，物理口270余人。
2001年9月25日，中国工程物理研究院（9院）派代表团访问科大，寻求合作，近代物理系是主要合作单位。
2001年9月26日－28日，我系承办安徽省首届核科学技术发展研讨会。
2001年9月，陈激教授退休，继续返聘。
2001年10月9日，英国粒子物理与天文研究基金会负责人Peter Fletcher访问我校及我系，考察可能在两国科学界的合作。
2001年10月 15-17日, 汪秉宏教授作为大会特邀报告人和国际学术顾问参加在日本名古屋大学举行的“国际交通流与颗粒流学术会议”。
2001年10月16日，学生免试攻读研究生名单确定。
2001年10月24日，成立各学科点领导小组。理论物理学科点：阎沐霖、王安民、汪秉宏、完绍龙；粒子物理与核物理学科点：马文淦、周先意、汪晓莲、叶邦角；等离子体物理学科点：李定、刘万东、俞昌旋；原子分子物理学科点：徐克尊、潘建伟、陈向军；物理电子学学科点：阴泽杰、金革、安琪、明海。
2001年10月26－27日，我系组织的安徽省核学会“安徽省首届核科学技术研讨会”召开。
2001年10月29日-11月14日，日本东邦大学Y.Sakai副教授访问我系原子分子物理实验室，开展合作研究。
2001年10月，温晓辉、张声涛两位博士留校。
2001年11月1日，我系兼职教授贺贤土院士来校，作学术报告。
2001年11月3－4日，我系工会组织教工到庐山旅游，教工、研究生、家属共有86人参加。
2001年11月7日，中科院高能物理研究所与我系签订人才培养合作协议。
2001年11月，王从容高级工程师退休。
2001年12月3-5日，安徽省核学会组织中学物理教师，由我校各方面专家讲课，我系杨保忠、叶邦角教授负责筹备。
2001年12月3日，日本静冈大学Nakatzi教授访问我系等离子体物理学科点，进行学术交流。
2001年12月5日，叶邦角任核与粒子物理专业主任。
2001年12月9日，2001级徐杰同学在学校“12.9”文艺会演中获第二名。
2001年12月19日，科研处进行工作总结，2001年我系论文、科研经费等方面均处于院系的前3名。共发表论文160余篇，到位科研经费800余万元。
2001年12月22日，系组织全体教工在明珠广场进行集体活动，辞旧迎新。
2001年12月31日，温晓辉、黄卫东、张声涛、赵家伟被授予博士学位（同时授予的有陈前华等76人）、黄胜利、 陈辉被授予硕士学位（同时授予的有杨霄锋等209人）。
2001年12月31日，年度考核结束，陈银华、马锦秀、王文浩、汪秉宏、陈增兵、马文淦、徐克尊、叶云秀、范扬眉、翁惠民、王从容、阴泽杰、周永钊、王永纲、梁昊、李宏被评为优秀，其中陈银华、汪秉宏、范扬眉被推荐晋升一级。
2001年12月，我系2002年度科研总经费突破1000万元大关，达1216.69万元，其中纵向项目1025.98万元，横向190.71万元。
2001年12月，据2001年科技情报检索资料，不完全统计，我系2000年度发表的科学研究论文共176篇。其中SCI收录论文66篇，EI收录论文8篇，中文核心期刊论文102篇。
2001年底，在任的系行政、学术机构主要负责人如下：系主任刘万东教授、副主任阴泽杰教授，总支书记杜江峰副教授；理论物理专业主任为井思聪教授，粒子物理与核物理专业主任为叶邦角教授，等离子体物理专业主任为曹金祥教授，物理电子学专业主任为金革教授；系学术委员会主任李定教授，副主任周先意教授、安琪教授；理论物理学科点负责人阎沐霖教授，粒子物理与核物理学科点负责人马文淦教授，等离子体物理学科点负责人李定教授，原子分子物理学科点负责人徐克尊教授，物理电子学学科点负责人阴泽杰教授。